国家审计与内部审计是两类不同性质的审计。二者在审计目的、代表的利益、审计结果的法律效力等方面都存在着差别。根据审计法，依法属于审计机关审计对象的单位的内部审计工作，应当接受审计机关的业务指导和监督。

第一，国家审计与内部审计之间存在着法定的指导与被指导关系。国家审计机关对内部审计进行指导的主要内容有：起草有关内部审计工作的法规草案；制定有关内部审计工作的规章制度和规划；推动单位建立健全内部审计制度，理顺内部审计管理体制；推动国有和国有资本占控股地位或者主导地位的大、中型企业（含金融机构）建立总审计师制度，设置总审计师；国家机关、事业组织根据需要，经批准设置总审计师；完善审计质量控制、内部审计结果运用和责任追究、内部审计发现问题整改等制度；指导内部审计统筹安排审计计划，突出审计重点；通过经验交流、座谈研讨、现场调研等方式，总结推广开展内部审计工作的先进经验和做法；按照国家有关规定对内部审计自律组织进行政策和业务指导，推动内部审计自律组织按照法律法规和章程开展活动；通过业务培训、交流研讨等方式，加强对内部审计人员的业务指导，推动提高内部审计人员运用信息化技术查核问题、评价判断和分析问题的能力等。审计机关可以通过内部审计自律组织，加强对内部审计工作的业务指导。

第二，国家审计与内部审计之间存在着法定的监督与被监督关系。国家审计机关对内部审计进行监督的主要内容有：监督单位依据法规和有关规定建立健全内部审计制度；监督内部审计职责履行情况，检查内部审计业务质量；督促被审计单位认真整改内部审计发现的问题等。实际工作中，审计机关可以采取日常监督、结合审计项目监督、专项检查等方式，对单位内部审计制度建立健全情况、内部审计工作质量情况等进行监督检查，组织协调对社会审计机构出具的相关审计报告的核查。依法属于审计机关审计监督对象的单位，应当将内部审计工作计划、工作总结、审计报告、审计整改情况以及审计中发现的重大违纪违法问题线索等资料报送同级审计机关备案，自觉接受审计机关对其内部审计工作的监督。

第三，国家审计应当在一定程度上利用内部审计结果，将其作为开展审计工作的参考。由于内部审计本身即是内部控制的一个重要组成部分，国家审计在对相关部门、单位进行审计时，要对内控制度进行测评，就需了解其内部审计的设置和工作情况。主要包括：一是了解内部审计关于单位内部控制制度的评审结果；二是了解内部审计机构对下属单位进行审计的结果；三是参考内部审计发现问题的线索，确定审计的重点领域。由于不同组织内部审计机构工作内容、遵循的审计规范、工作成果可信程度差异较大，国家审计对于内部审计结果的利用程度也有所差别。一般而言，审计机关在审计中涉及国家机关、事业单位和国有企业下属单位时，可以在评估被审计单位内部审计工作质量的基础上，积极有效利用内部审计成果。对内部审计已经发现并纠正的问题可以不再在审计报告中反映，对纠正不及时不到位的问题应当依法提出处理意见并督促整改。但总体上讲，审计机关主要是将内部审计结果作为自己开展审计工作的参考，而不是直接使用内部审计结果。而且，审计机关要对利用内部审计结果的情况承担最终责任。